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S É M I N A I R E

 Cédric SAULE

Université Paris-Sud, Paris

Génération aléatoire de structures secondaires ARN. Application au calcul de Zscores d'alignements et modèles théoriques pour les structures avec pseudonoeuds

Invité(e) par Emmanuel BARILLOT

Mercredi 11 Août 2010
11 heures

Dans une première partie nous allons nous intéresser à la génération aléatoire de structures ARN sans pseudonoeuds. Après avoir posé les différents modèles aléatoires, nous allons utiliser les structures engendrées afin de calculer des Zscores d'alignement de structures secondaires. Nous montrerons que ce Zscore permet d'améliorer la sensibilité et la spécificité des algorithmes d'alignements de structures. Dans une deuxième partie, nous nous intéresserons à l'énumération de structures avec pseudonoeuds en utilisant des méthodes classiques de la combinatoire énumérative (bijections vers des cartes et arbres ternaires, encodages par des mots décrits par des grammaires algébriques). Ces résultats nous permettrons d'étudier le compromis entre complexité en temps des algorithmes exacts de prédiction de structure secondaire avec pseudonoeuds et le nombre de structures prédictibles. Nous donnerons également les algorithmes permettant de réaliser la génération aléatoires de structures secondaires avec pseudonoeuds.

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